構造生物 Vol.4 No.1
¶1998年3月発行

平成9年度後期TARA坂部研究プロジェクトの活動


運営委員会委員長

坂部知平

前号以来今日まで即ち平成9年10月から平成10年3月までの活動報告を行う。

I. 利用状況及び備品充足状況

1. TARA用実験ステーションBL6Bの利用状況。

平成9年度のビームタイムは11月11日〜12月23日(表1)及び平成10年1月20日〜3月22日(表2)である。10ケ月に渡るシヤットダウ ンの後だけに、ビーム タイム不足で混雑することが予想されたが、第4回運営委員会決定(議案5、本誌Vol.3,No.3,p.29)が有効に働いた為か、極めて紳士的な 予約が行われた。結晶が出来ない などの理由による解約も早めに行われ、有効なビームタイム利用がなされた。11月の夜の部に空棚が日立つが、恐らく考慮しすぎた為と思 われる。実際にはルールに従い、 この時間も全て利用された。2月以降は予約で満杯になった。又毎週camera meintenanceで予 約をし、機械の修理或いは何かの理由でビームタイムが利用できなかったグループ、又は急に結晶が出来どうしても利用したい等、特別の利 用に提供した。それ以外の時は 期日の約1週間前に解約して一般利用に提供した。

今期もビームラインアシスタントの方々の協力を得た、名簿を掲載し感謝の意を表します。 なお、1階計算機室の側室102をビームラインアシスタント部屋に致しました。

氏名 所属 期間
橋本 博 大阪  大学・甲斐研 11月 2日〜11月24日
濱田佐和子 大阪  大学・甲斐研 11月18日〜12月 3日
菅原 肇 大阪  大学・甲斐研 12月12日〜12月25日
中井 忠志 大阪市立大・広津研  1月19日〜 2月16日
水谷 尚志 大阪市立大・広津研  2月10日〜 3月 9日
禾   晃和 京都  大学・三木研  2月16日〜 3月 1日
藤橋 雅弘 京都  大学・三木研  2月26日〜 3月11日
杉本 宏 北海道大学・田中研  3月 6日〜 3月21日
北野 健 京都  大学・三木研  3月11日〜 3月24日

2. コンピュータ関係

主にデータバックアップの目的でシリコングラフィックス社製の02を2台とDEC社製のDPW433auを2台導入した。これらはメモリー を増設してデータ処理ソフトの DENZOが実行できる環境になっており、データのバックアップに使用していないときはデータ処理も可能である。TARAネットワーク関係 では、データサーバが2回故障 を起こ し5時間程度停止した以外は順調に稼働している。今期からユーザがTARAプレハブ内にコンピュータを持ち込んで使用できるようになっ たが、その申請は5件あった。現 在 サーバ・ディスク上のデータは、7日を過ぎると消去しているが、データ量が90%近くに達したことが1度あり心配した。またデータサーバ の導入に伴いディスク上にあっ た データすべてが毎日DLTにバックアップされているが、ユーザの要求でDLTから戻したことが3回あり、この期間前のネットワーク関係 の改造により更に安全性が増し、 使い易い システムになったことを示している。

表1.平成9年度第1期BL6B実験スケジュール


USER NAME _a:administer _c:industry _d:non-industry -:free
A:50% area for long works, B:50% area for short works
    day: am:9:00-pm:9:00 night: pm:9:00-am:9:00(the next day)
11月11日 TUE A Fujisawa_Pharm._c (day) Tada_Toshiharu_d (night)
11月12日 WED A Fujisawa_Pharm._c (day) Nippon_Roche_c (night)
11月13日 THU A JT_c (day) JT_c (night)
11月14日 FRI A BERI_c (day) BERI_c (night)
11月15日 SAT A Tanokura_Masaru_d (day) - (night)
11月16日 SUN A Hakoshima_Toshio_d (day) - (night)
11月17日 MON A machine_study (day) machine_study (night)
11月18日 TUE B Sankyo_Co._Ltd_c (day) Fukuyama_Keiichi_d (night)
11月19日 WED B Eisai_Co._Ltd_c (day) - (night)
11月20日 THU B Nippon_Roche_c (day) Miki_Kunio_d (night)
11月21日 FRI B Nureki_Osamu_d (day) - (night)
11月22日 SAT B Konno_Michiko_d (day) Takenaka_Akio_d (night)
11月23日 SUN B Camera_maintenance (day) Camera_maintenance (night)
11月24日 MON B machine_study (day) machine_study (night)
11月25日 TUE A machine_study (day) Nonaka_Takamasa_d (night)
11月26日 WED A Chugai_Pharm._c (day) - (night)
11月27日 THU A Yamanouchi_Pharm._c (day) - (night)
11月28日 FRI A Ajinomoto_Co._Inc_c (day) - (night)
11月29日 SAT A Shionogi_Pharm._c (day) - (night)
11月30日 SUN A Mizuno_Hiroshi_d (day) - (night)
12月1日 MON B machine_study (day) machine_study (night)
12月2日 TUE B Camera_maintenance (day) Camera_maintenance (night)
12月3日 WED B Mitsubishi_Chem._c (day) Kirin_Brewery_c (night)
12月4日 THU B Mitsubishi_Chem._c (day) Katayanagi_Katsuo_d (night)
12月5日 FRI B Sankyo_Co._Ltd_c (day) - (night)
12月6日 SAT B Nippon_Roche_c (day) Kai_Yasushi_d (night)
12月7日 SUN B Camera_maintenance (day) Camera_maintenance (night)
12月8日 MON B machine_study (day) machine_study (night)
12月9日 TUE A Yamanouchi_Pharm._c (day) - (night)
12月10日 WED A overseas_users_a (day) overseas_users_a (night)
12月11日 THU A Banyu_Pharm._c (day) Banyu_Pharm._c (night)
12月12日 FRI A Daiichi_Pharm._c (day) Tsukihara_Tomitake_d (night)
12月13日 SAT A JT_c (day) Yoshikawa_Shinya_d (night)
12月14日 SUN A JT_c (day) setting_test (night)
12月15日 MON A machine_study (day) machine_study (night)
12月16日 TUE B Fujisawa_Pharm._c (day) Camera_maintenance (night)
12月17日 WED B Mitsubishi_Chem._c (day) Kitadokoro_Kengo_d (night)
12月18日 THU B Ajinomoto_Co._Inc_c (day) Tanaka_Isao_d (night)
12月19日 FRI B Nippon_Roche_c <(day) Shionogi_Pharm._c (night)
12月20日 SAT B Fukuyama_Keiichi_d (day) Camera_maintenance (night)
12月21日 SUN B Camera_maintenance (day) Kirin_Brewery_c (night)
12月22日 MON B Yamagata_Yuriko_d (day) Mizuno_Hiroshi_d (night)
12月23日 TUE B BERI_c (day) BERI_c (night)

表2.平成9年度第2期BL6B実験スケジュール


USER NAME _a:administer _c:industry _d:non-industry -:free
A:50% area for long works, B:50% area for short works
    day: am:9:00-pm:9:00 night: pm:9:00-am:9:00(the next day)
1月21日 TUE A Nippon_Roche_c (day) - (night)
1月22日 WED A Fujisawa_Pharm._c (day) - (night)
1月23日 THU A Yamanouchi_Pharm._c (day) Mitsubishi_Chem._c (night)
1月24日 FRI A Tanokura_Masaru_d (day) Shionogi_Pharm._c (night)
1月25日 SAT A Shionogi_Pharm._c (day) - (night)
1月26日 SUN A machine_study (day) - (night)
1月27日 MON A machine_study (day) machine_study (night)
1月28日 TUE B Eisai_Co._Ltd_c (day) Banyu_Pharm._c (night)
1月29日 WED B Sankyo_Co._Ltd_c (day) - (night)
1月30日 THU B Yamanouchi_Pharm._c (day) - (night)
1月31日 FRI B - (day) Hirotsu_Ken_d (night)
2月1日 SAT B Matsuura_Yoshiki_d (day) setting_test (night)
2月2日 SUN B machine_study (day) machine_study (night)
2月3日 MON A Mitsubishi_Chem._c (day) - (night)
2月4日 TUE A Yamagata_Yuriko_d (day) - (night)
2月5日 WED A BERI_c (day) BERI_c (night)
2月6日 THU A Yamanouchi_Pharm._c (day) BERI_c (night)
2月7日 FRI A Kirin_Brewery_c (day) Yasuoka_Noritake_d (night)
2月8日 SAT A Daiichi_Pharm._c (day) - (night)
2月9日 SUN A machine_study (day) machine_study (night)
2月10日 MON B Eisai_Co._Ltd_c (day) - (night)
2月11日 TUE B Shionogi_Pharm._c (day) Shionogi_Pharm._c (night)
2月12日 WED B Kirin_Brewery_c (day) Miki_Kunio_d (night)
2月13日 THU B setting_test (day) Tsukihara_Tomitake_d (night)
2月14日 FRI B Mitsubishi_Chem._c (day) Yoshikawa_Shinya_d (night)
2月15日 SAT B setting_test (day) setting_test (night)
2月16日 SUN B machine_study (day) machine_study (night)
2月17日 MON A Mitsui_Yukio_d (day) Nonaka_Takamasa_d (night)
2月18日 TUE A Sankyo_Co._Ltd_c (day) Banyu_Pharm._c (night)
2月19日 WED A Ajinomoto_Co._Ltd_c (day) Ajinomoto_Co._Inc_c (night)
2月20日 THU A Yasuoka_Noritake_d (day) Morimoto_Yukio_d (night)
2月21日 FRI A overseas_users_a (day) overseas_users_a (night)
2月22日 SAT A Camera_maintenance (day) Camera_maintenance (night)
2月23日 SUN A machine_study (day) machine_study (night)
2月24日 MON B machine_study (day) setting_test (night)
2月25日 TUE B Eisai_Co._Ltd_c (day) Eisai_Co._Ltd_c (night)
2月26日 WED B Nippon_Roche_c (day) Nippon_Roche_c (night)
2月27日 THU B Nippon_Roche_c (day) Hirotsu_Ken_d (night)
2月28日 FRI B Daiichi_Pharm._c (day) Takenaka_Akio_d (night)
3月1日 SAT B Kai_Yasushi_d (day) setting_test (night)
3月2日 SUN B machine_study (day) machine_study (night)
3月3日 MON A Kirin_Brewery_c (day) Kirin_Brewery_c (night)
3月4日 TUE A Banyu_Pharm._c (day) - (night)
3月5日 WED A - (day) - (night)
3月6日 THU A Mitsubishi_Chem._c (day) Nippon_Roche_c (night)
3月7日 FRI A BERI_c (day) BERI_c (night)
3月8日 SAT A Sakabe_Noriyoshi_d (day) Sakabe_Noriyoshi_d (night)
3月9日 SUN A machine_study (day) machine_study (night)
3月10日 MON B Eisai_Co._Ltd_c (day) Nakagawa_Atsushi_d (night)
3月11日 TUE B Nakagawa_Atsushi_d (day) Tanaka_Isao_d (night)
3月12日 WED B Shionogi_Pharm._c (day) Shionogi_Pharm._c (night)
3月13日 THU B Yamanouchi_Pharm._c (day) Mitsubishi_Chem._c (night)
3月14日 FRI B Konno_Michiko_d (day) Mitsui_Yukio_d (night)
3月15日 SAT B Nippon_Roche_c (day) Kitadokoro_Kengo_d (night)
3月16日 SUN B machine_study (day) machine_study (night)
3月17日 MON A Fujisawa_Pharm._c (day) setting_test (night)
3月18日 TUE A Fujisawa_Pharm._c (day) Kirin_Brewery_c (night)
3月19日 WED A Ajinomoto_Co._Ltd_c (day) Eisai_Co._Ltd_c (night)
3月20日 THU A beam_maintenance (day) beam_maintenance (night)
3月21日 FRI A beam_maintenance (day) beam_maintenance (night)
3月22日 SAT A beam_maintenance (day) beam_maintenance (night)

図1.(a)BL6A/B,BL18Bの3つのビームラインから書き込まれたデータ総量(97/11/04-12/24)



user time machine study camera maintenance

図1.(b)BL6A/B,BL18Bの3つのビームラインから書き込まれたデータ総量(98/10/19-03/24)



usr time setting test camera maintenance beam maintenance

ビームタイム期間中の毎日の新規測定データ量の推移を2枚の図に示ているが、これからもデータ測定システムが順調に稼働していることが うかがえる。

3. 備品

低温吹き付け装置の利用が急速にのび、利用者の操作ミスも含め故障が頻発した。そのため、これまでと同種の低温吹き付け装置を購入し、 非常 の際に対応できるようにした。

U. 施設関連記事

1. BL6Cの建設計画

TARA用実験ステーションの増設を行うためBL6Cの利用許可申請を平成9年6月27日付でKEK・物質構造科学研究所長に筑波大学長名 で 提出した(本誌Vol.3,No.3, p.31)。これに対し平成10年2月17日付で「実施して差し支え有りません」と言う回答を得た(資料1)。PF全体として実験ステーションが 不足しているなか、困難な要求 に応えて下さったPFの方々、更にBL6Cは既に長期間使われている大切な実験ステーションであったにも拘わらずTARA利用のために譲 って下さった現在の利用者の方々 に 心から感謝致します。

BL6Cは来期のビームタイムが終了する平成10年6月を待って、本格的な建設を行い、同年10月までにTARA用に改修を完了する予定で ある。測定器としては現在坂部 知平が研究代表者として進めている学振・未来開拓の援助で開発している完全自動化装置(本誌Vol.3,No.2,p.77)を設置する予定である。 この開発には時間を要するが、遅 くとも平成12年度には利用を開始する予定である。

3. 電話

TARAハウスにダイヤルインの電話が設置されましたのでお知らせ致します。又内線は0298-64-1171で交換手を呼び出す必要があります。 TARAハウスから電 話するとき内線番号3719の電話は東京までなら直接かけられます。その他の内線番号の電話はつくば市内までです。それ以上遠方に掛ける 場 合は交換手に依頼することにな ります。ダイヤルインの電話は何処でも掛けられますが、長距離電話は費用がかさみますので長時間の使用は避けて下さい。ファックスは多 量の情報を短時間で送れますの で、まずファックス送信をしてから電話する等ご協力をお願い致します。

V. 成果報告

早いもので本研究プロジェクトも3年を経過した。TARAの規則として研究プロジェクトは3年を区切りとしている。我々の成果は常に本 誌に掲載されているのでそれを基 に して報告書を作成しTARA本部に提出し、審査を受けた。準備段階が長く、BL6Bが完成してから僅か1年半であったにもかかわらずづ、 37報 の論文が発表された。報告書を 本号 59頁に掲げた。

IV. 各種委員会報告

1. 編集員会

第8回編集委員会が平成10年2月27日(金)18時よりTARAハウスにて開催された。構造生物Vol.4,No.1の原稿の最終チェックならびに 印刷等のスケジュールの確認が 行われた。続いて次号の内容についての検討が行われ、執筆依頼者及び各委員の役割分担が決定された。
編集委員長栗原宏之氏より編集委員の交代についての提案がなされ検討された。

V. 組織の強化

1. 研究員の増加

TARAプロジェクトの構成は本来筑波大学研究者(TARA研究員)とそれ以外の(TARA客員研究員)の数が近いことが望ましいとされている。 しかし我々のプロジェ クトは客員研究員の数が非常に多いので研究員数の増加が望まれている。この度下記した筑波大学臨床医学系の先生方3名が研究員として本 プロジェクトに参加して下さっ たので 紹介する。

筑波大学・臨床医学系・教授 赤座 英之先生
筑波大学・臨床医学系・講師 河合 弘二先生
筑波大学・臨床医学系・講師 島居 徹先生

本プロジェクトの主なテーマとして医薬開発が有るので、今後医学の立場から貴重なご意見が伺えるものと大いに期待している。

2. 共同研究

本プロジェクトはTARA用実験ステーションを共同利用するだけでなく、プロジェクトメンバーの研究の活性化及び各組織間、特にTARA の親元である筑波大学教官と他 組 織間で共同研究が行われ発展することも目的の一つである。筑波大学基礎医学系の岡村直道氏とKEK・物構研(PF)の鈴木守氏が本格的な共 同研究を開始したので照会する。 昨年夏、TARAハウスに筑波大学の岡村直道氏、PFから渡辺信久、鈴木守、五十嵐教之の3氏及び仲介役として坂部知平の5名が集まり、 岡村直道氏の研究している機能 性 蛋白質の構造研究について話し合い、その後検討が重ねられ試料調整は岡村直道氏のグループで行い、結晶化及び解析はPF側で行うことが 同意され、共同研究が成立した もので ある。テーマについての概要を岡村直道氏から頂いたので紹介する。

哺乳動物の精子は精巣上体で初めて運動と受精の能力を獲得する。この機能的な成熟は精巣上体上皮細胞から分泌された種々の因子による精 子細胞膜の性質や機能の変化が 重要な要因となっている。本共同研究の対象となっている蛋白質はブタ精巣上体分泌液から精製され、これまで報告のないコレステロール結 合蛋白質と同定されたものであ る。この蛋白質は、他の動物の精巣上体でも保存されて発現されており、精子細胞膜のコレステロール含量の調節を通して精子成熟に関与し ていると考えられている。構造 的には、6個のシ ステイン残基を持っており、1-6,2-3,4-5でS-S結合をしていると思われる。 このような立体構造をもつものとしては、human prostatic acid phosphataseやダニのアレルゲンの一つであるderf2などが知られており生 理機能を考える上でも興味深い。

VI. 業績紹介

論文中にTARAのメンバー或いはTARAに謝意等を表明され、送付されてきた論文のリストを記載する。いずれ論文数が増えてきたら独立 な欄を設けるべきであるが、未 だ数も少ないのでここにまとめる。尚、本プロジェクトのメンバー名と所属を各論文の文頭に掲げた。

1. 田仲可昌(筑波大)

Characterization of a novel small RNA encoded by Dictyostelium discoideum mitochondrial DNA.
Mol Gen Genet 257, 124-131(1998)

2. 岡村直道(筑波大)

Stage-Specific Expression of a Mouse Homologue of the porcine 135kDa α-D-Mannosidase (MAN2B2) in Type A Spermatogonia
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATONS 241, 439-445(1997)

3. 山縣ゆり子(阪大)

Contribution of Water Molecules in the Interior of a Protein to the Conformational Stability
J. Mol. Biol. 274, 132-142(1997)

4.三木邦夫(京大)

Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Expressed Pseudomonas putida Catechol 2, 3-Dioxygenase
J. Biochem. 122, 201-204 (1997)

5 北所健悟(京大)、三木邦夫(京大)

Crystal structure of DNA photolyase from Anacystis nidulans
Nature Structural Biology, 4, 887-891 (1997)

6. 福山恵一(阪大)

Tertiary and Quaternary Structures of 0.19 α-Amylase Inhibitor from Wheat Kernel Determined by X-ray Analysis at 2.06 A Resolution
Biochemistry 1997, 36, 13503- 13511


ご意見、ご要望などは下記のアドレスにメールを下さい。
sasaki@tara.met.nagoya-u.ac.jp