| user time | setting test | single bunch | machine study | beam maintenance | Camera maintenance | 4/28-5/9: NO beam |
I. TARA用第1実験ステーションBL6B
1. 利用状況
平成11年度前期のビームタイムは平成11年4月15日(木)から開始され7月9日(金)に終了した(表1)。後期と同様前期もCamera-maintenanceの名目で予備日を設け、1週間前迄に急を要する要求がなければキャンセルを行った。例年の事であるが、4月から6月中旬は学生の入れ替えが起こるためか国内大学関係者による登録は激減する。今年も今期の大学関係者、国内の利用は7グループで120時間、海外の利用者は2グループで60時間であり、合計180時間を使用した。企業の使用時間は12社で432時間であった。その結果、登録して利用された時間の合計は612時間である。それに対し、無登録の時間は昼間が264時間、夜間は実に372時間で合計636時間に上る。但しこの内の大半はその日BL6A或いはBL18B利用者及びビームラインアシスタントの方々が利用した。それにしても、登録された時間帯の合計が無登録の時間帯の合計に比べて24時間と言う僅かな差ではあるが下回った。これは利用開始以来初めての事である。次回10月のビームタイムの状況を見て同じ現象が続くようであれば予約ルールの改訂を行う必要があると思われる。原案を作成し運営委員会に諮る予定である。
2. ビームラインアシスタント
前回はビームラインアシスタントの希望者がなかったので心配していたが、今期は9人の方々がビームラインアシスタントとして頑張ってくれた。名簿を掲載し諸氏に感謝する。
| 氏名 | 所属 | 期間 |
|---|---|---|
| 村松 浩由 | 大阪 大学・甲斐研 | ４月１４日〜４月１９日 |
| 寺田 美香 | 大阪 大学・甲斐研 | ４月１４日〜４月２９日 |
| 岡崎 伸生 | 大阪 大学・甲斐研 | ４月１６日〜４月２９日 |
| 阪本 泰光 | 長岡技科大・三井研 | ５月１２日〜５月２６日 |
| 庄村 康人 | 京都 大学・三木研 | ５月２１日〜６月 ４日 |
| 禾 晃和 | 京都 大学・三木研 | ５月２１日〜６月 ７日 |
| 緒方 英明 | 京都 大学・三木研 | ６月 １日〜６月１６日 |
| 須藤 恭子 | 姫路 工大・安岡研 | ６月１４日〜７月１０日 |
| 伊藤 創平 | 東京 大学・若木研 | ６月２１日〜７月１０日 |
| USER NAME _a:administer _c:industry _d:non-industry -:free | ||||||
| A:50% area for long works, B:50% area for short works | ||||||
| day: am:9:00-pm:9:00 | night: pm:9:00-am:9:00(the next day) | |||||
| 4月15日 | THU | A | beam_maintenance | (day) | beam_maintenance | (night) |
| 4月16日 | FRI | A | beam_maintenance | (day) | beam_maintenance | (night) |
| 4月17日 | SAT | A | Mitsubishi_Chem._c | (day) | - | (night) |
| 4月18日 | SUN | A | Fujisawa_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 4月19日 | MON | A | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 4月20日 | TUE | A | Nippon_Roche_c | (day) | - | (night) |
| 4月21日 | WED | A | - | (day) | - | (night) |
| 4月22日 | THU | A | Ajinomoto_Co._Inc._c | (day) | - | (night) |
| 4月23日 | FRI | B | shionogi_Pharm._c | (day) | Yamagata_Yuriko_d | (night) |
| 4月24日 | SAT | B | BERI_c | (day) | BERI_c | (night) |
| 4月25日 | SUN | B | - | (day) | - | (night) |
| 4月26日 | MON | B | Banyu_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 4月27日 | TUE | B | Yamanouchi_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 4月28日 | WED | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 4月29日 | THU | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 4月30日 | FRI | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月1日 | SAT | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月2日 | SUN | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月3日 | MON | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月4日 | TUE | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月5日 | WED | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月6日 | THU | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月7日 | FRI | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月8日 | SAT | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月9日 | SUN | A | NO_beam | (day) | NO_beam | (night) |
| 5月10日 | MON | A | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 5月11日 | TUE | A | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 5月12日 | WED | A | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 5月13日 | THU | A | beam_maintenance | (day) | beam_maintenance | (night) |
| 5月14日 | FRI | A | beam_maintenance | (day) | beam_maintenance | (night) |
| 5月15日 | SAT | A | beam_maintenance | (day) | beam_maintenance | (night) |
| 5月16日 | SUN | A | beam_maintenance | (day) | beam_maintenance | (night) |
| 5月17日 | MON | A | - | (day) | - | (night) |
| 5月18日 | TUE | A | single_bunch | (day) | single_bunch | (night) |
| 5月19日 | WED | A | single_bunch | (day) | single_bunch | (night) |
| 5月20日 | THU | A | single_bunch | (day) | single_bunch | (night) |
| 5月21日 | FRI | B | - | (day) | - | (night) |
| 5月22日 | SAT | B | - | (day) | Matsumoto_Osamu_d | (night) |
| 5月23日 | SUN | B | - | (day) | - | (night) |
| 5月24日 | MON | A | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 5月25日 | TUE | A | Yamanouchi_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 5月26日 | WED | A | Banyu_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 5月27日 | THU | A | - | (day) | - | (night) |
| 5月28日 | FRI | A | - | (day) | - | (night) |
| 5月29日 | SAT | A | setting_test | (day) | setting_test | (night) |
| 5月30日 | SUN | A | - | (day) | - | (night) |
| 5月31日 | MON | B | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 6月1日 | TUE | B | Fujisawa_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 6月2日 | WED | B | - | (day) | - | (night) |
| 6月3日 | THU | B | Sankyo_Co._Ltd_c | (day) | Sankyo_Co._Ltd_c | (night) |
| 6月4日 | FRI | B | - | (day) | - | (night) |
| 6月5日 | SAT | B | - | (day) | - | (night) |
| 6月6日 | SUN | B | - | (day) | - | (night) |
| 6月7日 | MON | A | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 6月8日 | TUE | A | - | (day) | - | (night) |
| 6月9日 | WED | A | BERI_c | (day) | BERI_c | (night) |
| 6月10日 | THU | A | - | (day) | Nonaka_Takamasa_d | (night) |
| 6月11日 | FRI | A | - | (day) | - | (night) |
| 6月12日 | SAT | A | setting_test | (day) | setting_test | (night) |
| 6月13日 | SUN | A | Sankyo_Co._Ltd_c | (day) | Sankyo_Co._Ltd_c | (night) |
| 6月14日 | MON | B | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 6月15日 | TUE | B | - | (day) | Mitsubishi_Chem._c | (night) |
| 6月16日 | WED | B | Mitsubishi_Chem._c | (day) | - | (night) |
| 6月17日 | THU | B | - | (day) | - | (night) |
| 6月18日 | FRI | B | Camera_maintenance | (day) | Camera_maintenance | (night) |
| 6月19日 | SAT | B | Konno_Michiko_d | (day) | - | (night) |
| 6月20日 | SUN | B | - | (day) | - | (night) |
| 6月21日 | MON | A | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 6月22日 | TUE | A | Banyu_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 6月23日 | WED | A | - | (day) | Katayanagi_katsuo_d | (night) |
| 6月24日 | THU | A | Daiichi_Pharm._c | (day) | Katayanagi_katsuo_d | (night) |
| 6月25日 | FRI | A | - | (day) | - | (night) |
| 6月26日 | SAT | A | - | (day) | - | (night) |
| 6月27日 | SUN | A | Sakabe_Kiwako_d | (day) | Sakabe_Kiwako_d | (night) |
| 6月28日 | MON | A | Sankyo_Co._Ltd_c | (day) | Sankyo_Co._Ltd_c | (night) |
| 6月29日 | TUE | A | setting_test | (day) | setting_test | (night) |
| 6月30日 | WED | A | Yamanouchi_Pharm._c | (day) | - | (night) |
| 7月1日 | THU | B | Fujisawa_Pharm._c | (day) | setting_test | (night) |
| 7月2日 | FRI | B | Camera_maintenance | (day) | Camera_maintenance | (night) |
| 7月3日 | SAT | B | overseas_users_a | (day) | overseas_users_a | (night) |
| 7月4日 | SUN | B | overseas_users_a | (day) | overseas_users_a | (night) |
| 7月5日 | MON | B | machine_study | (day) | machine_study | (night) |
| 7月6日 | TUE | B | Kirin_Brewery_c | (day) | Kirin_Brewery_c | (night) |
| 7月7日 | WED | B | Mitsubishi_Chem._c | (day) | Mitsubishi_Chem._c | (night) |
| 7月8日 | THU | B | Nippon_Roche_c | (day) | BERI_c | (night) |
この他、吹き付け用クライオヘッドが不調のためユーザーが途中で実験を断念せざるを得ないこともあった。誠に申し訳ない次第である。その後原因がつきとめられた。
昨年度の蛋白ビームライン作業報告(中丸幸雄氏)を本号40頁に掲載する。
II. TARA第2実験ステーションBL6C
日本学術振興会未来開拓推進事業の産学連携研究費で開発中の全自動データ収集システムの愛称をgalaxyと言う。此は開発に先立って、開発プロジェクトのメンバーである、宮原諄二博士が提案されたものである。宮原諄二氏は此の装置で極めて多くの反射が撮影されるのでそのイメージを天の川に例えられたのである。
本装置は4月はじめにBL6Cに設置され、その後マックサイエンスの方々によりパソコンからの制御テスト、読み取りシーケンスのテスト及び感度調整などを4月中に済ませた。5月から6月には連続測定ソフトを使ったソフト動作チェック、読み取り動作チェック、各部分の精度出し、渡辺、鈴木氏らによりビームアライメントが行われた。そして6月後半には読み取り消去までの1連の動作ができるようになった。その時点でデータプロセスプログラムのテスト画像がtetragonal lysozyme結晶を使って作成された。東常行氏の報告によると未だいろいろ問題はあるが一応マトリックスはできたとのことであった。
この時点で本装置を使って利用者側で総合チェックを行うことになり、今期のビームタイムの最後の2日(7月7日と8日)には台湾科学院分子生物学研究所のChwan Deng，David Hsiao博士のグループと我々のグループとが共同してCardiotoxin-lipid複合体結晶の振動法およびワイセンベルグ法によるデータ収集を行った。この結晶はRAXlSUにより常温でデータ収集をするとX線照射に伴って明らかに格子定数に変化が観測され、解析に利用できるデータを集めることができなかったものである。本実験では本装置を使うことにより常温でのデータ収集の可能性を探ることを目的とした。実験参加者は坂部知平、坂部貴和子、宮本康弘、西野泰暢、Chwan-Deng、David Hsiao、Yuh-Ju Sunにマックサイエンスから制御プログラム担当者の井上弘直、諸氏であった。消去部の冷却が不十分で有ることが判明し、毎回ナトリウムランプを消す必要が生じた。このため、今回の実験では消去を含めた連続運転は取りやめた。従って、最大フレーム数を2つのフィルムカセットに記録できる範囲に止めた。5個の結晶を使って、10度毎のasymmetric settingで3セット(フレームの合計72)、symmetric setting(フレームの合計36)で2セットのデータを集めることができた。東常行氏のプログラムを使ったプレリミナリな分析結果からはこの範囲では格子定数に明らかな変化は観測されていない。本装置を使えば迅速に測定が出来るので凍らさなくても、常温でのデーター収集も可能であると考えている。
III. コンピュータ関係
1.ネットワークとデータサーバの利用状況
昨年度のTARAコンピュータ作業報告(官本康弘)を42頁に掲載する。
サーバディスクが159GBに増強されたため前期に引き続き今期もデータ保存期間を7日間に固定して運用することができた。
ただし7月に要注意の目安としているディスク使用量が70%を越えて、残り容量が40GBになったことが１度だけあった。今期にBL6A/6B/18Bの3つのビームラインからサーバに書き込まれたデータの総量を図１に示す。
2.予告なしの停電とデータサーバのフリーズ
4月21日の早朝、停電がありネットワーク全体が止まったが、再立ち上げにより復旧した。5月17日と19日の早朝、データサーバが動かなくなり、再立ち上げを行い復旧したが、原因はまだ究明されていない。その後同じ現象は起こっていない。
3.MSIプログラム(Insight II 98，QUANTA98およびCerius2-4.0)のライセンス再契約と利用
MSIの組織の変革に伴って日本の代理店が4月から菱化システム1社となった。それに伴ってCTCから購入したプログラム及びリファレンスサイトに関するすべてのサービスを菱化システムにお願いすることになった。なお、リファレンスサイトのプログラムについてはMSIとの間で契約を結び特に問題がない限り1年毎の自動更新が約束された。
BL6Cの自動データ収集システムが2001年にはユーザーに開放されることが予定されており、その時点ではTARAハウスにある計算機の使い方も今までとは変わる可能性が高い。そこでMSIプログラムも有効に利用して頂けるよう2階のトレーニングホールにある2台の02からもアクセスできるようにした。MSIのソフトウェアに関しては、Floating license契約なので企業ユーザーはSGIのコンピュータをTARAハウス内に設置すれば、それらのソフトを利用できる旨のアナウンスを行った。これらのMSIプログラムの紹介ならびに解析と関係させた使い方について(46頁)菱化システムの狩野さんに執筆をお願いした。尚、TARAハウスで利用できるプログラムのリストは43頁に掲載した。
| user time | setting test | single bunch | machine study | beam maintenance | Camera maintenance | 4/28-5/9: NO beam |
先号で述べた電気系の工事は全て予定通り完了した。今春の激しい雨で一部の換気扇及び2階の非常口に雨が叩き付けられ、雨が降り込んだので庇を取り付けた。
V.各種委員会報告
1.第6回運営委員会報告
平成11年7月16日第4回総会がTARAハウス2階で開催された。それに先立ち第6回運営委員会が開催された。議案を資料1に掲げる。筑波大学とKEKとで交わされた5年間の協定研究が今年度末に切れるため、「議案4.今後の方針」を集中的に議論する必要がある。その為一般活動報告は総会時に行うことになった。
坂部知平運営委員長より平成10年度収支報告がなされ引き続き川上善之氏より監査報告がなされ審議の末、承認された。
坂部知平運営委員長より平成11年度予算案が提出された。運営委員長より例年5百万円ほどの赤字予算であること、特に今年度は、昨年度BL6Cの建設を行ったため繰越金が減少し、このままでは4〜5年で繰越金が無くなることが説明された。実験旅費の削減等の議論の後原案通り(総会欄参照)承認された。その他、筑波大学委任経理金については坂部知平が筑波大学を退官した時点で祥雲弘文教授にその運用が任されており、今後も祥雲弘文教授の管理下にあることが再確認された。
運営委員長より議案4「今後の方針」に付いて下記資料2に基づき、提案理由及び趣旨説明がなされた。オブザーバーとして出席された高エネルギー加速器研究機構(KEK)研究協カ第二係長・山名貴之氏から民間等共同研究についての説明があった。また国際科学振興財団(FAl S)事務局長・角井修氏からこの事に関するFAISの取り組みについて説明があった。議論の末原案通り承認された。
畠忠議長からプロジェクトの名称に付いての提案がなされ審議の末「構造生物学坂部プ ロジェクト」とすることが承認された。
これらの審議事項は引き続き開催された総会にて全て承認された。
2.編集委員会
第12回編集委員会が平成11年7月16日TARAハウスにて開催された。出席者は、石川弘紀、栗原宏之、坂部貴和子、坂部知平、曽我部智、田仲可昌諸氏(五十音順)の6名であった。構造生物Vol.5，No.2の原稿の最終チェックならびに印刷等のスケジュール確認が行われた。発行は9月上旬になる見込である。続いて、次号(Vol.5，No.3)の内容についての検討が行われ、執筆依頼者が決定された。巻頭言は、日本ロシュの研究所の方にお願いすることにした。特集として、アメリカの放射光の現状をウォッテンポー博士に、Spring-8の現状を三浦圭子氏に執筆依頼することとした。研究紹介はダルスベリーのサマ一教授と東北大学の小松名誉教授にお願いする。基礎セミナーはTRNOE(NMRの手法の一つ)について北里大学の広野修一教授に、新プログラム「PROCESS-AUTO」について理学電機の東氏に、それぞれ、執筆をお願いする方針とした。さらに、9月3日に行われる「構造生物」TARA国際シンポジウムの講演者に、講演内容の執筆を祥雲先生からお願いしていただくことになった。国際結晶学会の報告を東常行氏に海外研究室紹介は池水博士に、会社紹介はキッセイ薬品、にお願いする方針を決めた。なお、基礎セミナーについては、今後、プロテオーゾーム解析とセルフリーの蛋白質合成系について取り上げる方針を決めた。次号の執筆者の人選は委員長に一任した。
3.行事委員会
1999年6月9日(水)午後3時〜5時に、筑波大学応用生物化学系で、次のような本プロジェクトミニセミナーを開催した。参加者は25名であった。
演者:Dr.Michael Murphy，Department of Biochemistry and Molecular Biology，University of British Columbia，Canada
演題:Application of protein engineering to investigate the mechanism of copper-containing nitrite reductase.
VI. 業績紹介
TARAプロジェクトとして行った研究であることが明確である論文のみを掲載する。
尚、本プロジェクトのメンバー名と所属を各論文の文頭に掲げた。
1. 池水信二及びD.I.Stuart(オックスフォード大学)
Crystal structure of the CD2-binding domain of CD58 (lymphocyte function-associated antigen at3) 1.8-Å resolution.
Proc. Natl. Acad. Sci. 96，4289-4294.(1999)
2. 甲斐 泰(阪大)
A Flow Cell Suitable for Time-Resolved X-ray Crystallography by the Laue Method
J. Appl. Cryst. 30, 555-556. (1997)
3. 甲斐 泰(阪大)
Novel Insight into the Copper-Ligand Geomety in the Crystal Structure of Ulva pertusa Plastocyanin at 1.6-Å Resolution
The Journal of Biological Chemistry, 274, 4225-4230, (1999)
4. 甲斐泰(阪大)
Crystal Structure Determinations of Oxidized and Reduced Plastocyanin from the Cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7942
Biochemistry, 38. 6063-6069 (1999)
5. 神谷信夫(理研)
Novel non-heme iron center of nitrile hydratase with a claw setting of oxygen atoms
Nature Structural biology, 5, 347-351, 1998
6. 佐々木教祐(名大)、渡辺信久(PF)、坂部知平(FAlS)、坂部貴和子(FAlS)
Computer Network System with Security for a Protein Data Collection System at the Photon Factory
J. Synchrotron Rad. 6, I 16-118 (1999)
7. D.I.Stuart (オックスフォード大)
Crystal structure of the human p58 killer cell inhibitory receptor (KIR2DL3) specific for HLA-Cw3-related MHC class I
Structure, 7, 391-398, (1999)
8. 福山恵一(阪大)、倉光成紀(阪大)
Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a DNA excision repair enzyme, UvrB, from Thermus thermophilus HB8
Acta Cryst. D55, 704-705, (1999)
9. 山縣ゆり子(阪大)
Contribution of Hydrogen Bonds to the Conformational Stability of Human Lysozyme: Calorimetry and X-ray Analysis of Six Ser → Ala Mutants
Biochemistry, 38. 6623-6629, (1999)
10. 渡辺信久(PF)、坂部知平(FAIS)
Rotated-inclined focusing monochromator with simultaneous tuning of asymmetry factor and radius of curvature over a wide wavelength range
J. Synchrotron Rad. 6, 64-68, (1999)